speaker2018 发表于 2025-10-8 16:35

关于X230跑分子对接软件的openCL的内部报错,请教各位帮忙看看报错信息

最近在X230上折腾一个份子对接软件,目前在三代i3的thinkpad X230i能流畅运行,只是可能这个老本子的集显HD4000对openCL的支持不知道有什么问题,对受体的蛋白分子结构的pdb文件预处理时有个openCL的内部报错,昨天折腾了一天还没解决。感觉很多分子对程序对硬件的要求不高,但如果mgltools在X230i调入个受体蛋白的结构图会卡成PPT,当然autodock4和Ledock什么的在X230上跑完全没问题,都可以流畅运行。thinkpad不论新旧的本子跑这种lunix环境下的程序感觉稳很多,至少配置到启动很顺利。

看了X230的HD4000对openCL的版本支持没啥问题,dll文件也在,也装了intel 显卡的openCL SDK。运行时的报错信息如下:

======================================================================
ℹ️ [提示] ===== 开始处理所有受体 =====
ℹ️ [提示] ======================================================================
ℹ️ [提示] 发现1个受体文件,准备处理...
ℹ️ [提示]   1. 2D7L.pdb
ℹ️ [提示] 🔄 处理受体开始: 0/1 (0%)
ℹ️ [提示] ✅ seaborn
ℹ️ [提示] ✅ pdbfixer
ℹ️ [提示] ✅ openbabel
ℹ️ [提示] ✅ plip
ℹ️ [提示] ✅ pymol
ℹ️ [提示] ✅ Vina 已就绪: C:\docking_toolsv1.0_Windows\vina.exe
ℹ️ [提示] ✅ 所有依赖检查通过
ℹ️ [提示] ✅ 环境检测完成,程序可以运行
ℹ️ [提示] 💡 注意:部分功能可能因依赖缺失而受限
✅ [成功] ✅ 环境准备就绪,可以开始使用!
ℹ️ [提示]
==================================================
ℹ️ [提示] 开始处理受体:2D7L
ℹ️ [提示] 原始文件路径:C:\docking_toolsv1.0_Windows\raw_receptors\2D7L.pdb
ℹ️ [提示] 目标输出路径:C:\docking_toolsv1.0_Windows\receptors\2D7L\2D7L.pdbqt
ℹ️ [提示] --------------------------------------------------
ℹ️ [提示] 步骤1/5:验证输入文件...
ℹ️ [提示] ✅ 输入文件验证通过(大小:1961.17KB)
ℹ️ [提示] 步骤2/5:创建输出目录...
ℹ️ [提示] ✅ 输出目录创建成功:C:\docking_toolsv1.0_Windows\receptors\2D7L
ℹ️ [提示] 步骤3/5:结构净化...
ℹ️ [提示] 执行命令:pdbfixer "C:\docking_toolsv1.0_Windows\raw_receptors\2D7L.pdb" --output "C:\docking_toolsv1.0_Windows\temp\2D7L_clean.pdb" --keep-heterogens=none
ℹ️ [提示] ❌ 结构净化失败:OpenCL internal error: Unknown error
Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\Administrator\miniforge3\envs\docking_env\Scripts\pdbfixer-script.py", line 9, in <module>
    sys.exit(main())
ℹ️ [提示]
======================================================================
ℹ️ [提示] 受体处理总结:成功0/1
⚠️ [警告] 失败任务详情:
⚠️ [警告]   - 2D7L.pdb:结构净化失败:OpenCL internal error: Unknown error
Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\Administrator\miniforge3\envs\docking_env\Scripts\pdbfixer-script.py", line 9, in <module>
    sys.exit(main())
ℹ️ [提示] 所有受体PDBQT文件保存目录:C:\docking_toolsv1.0_Windows\receptors
ℹ️ [提示] ======================================================================

ℹ️ [提示] === 受体预处理完成:成功0/1个 ===
⚠️ [警告] 失败任务详情:
⚠️ [警告]   - 2D7L.pdb:结构净化失败:OpenCL internal error: Unknown error
Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\Administrator\miniforge3\envs\docking_env\Scripts\pdbfixer-script.py", line 9, in <module>
    sys.exit(main())
ℹ️ [提示] ✅ 受体预处理任务失败

xuyinianhuakai 发表于 2025-10-9 02:04

E430安装autodock,薛定谔和moe都没问题,,不过,我E430带2G独显,没安装显卡驱动前也没问题,系统是win10 lstc2019。你可以试一试我用的autodock包,重装一下试一试。
链接:https://pan.baidu.com/s/11niEAqq8OV4YQc_16uqZgA?pwd=3tdf 

speaker2018 发表于 2025-10-11 01:23

xuyinianhuakai 发表于 2025-10-9 02:04
E430安装autodock,薛定谔和moe都没问题,,不过,我E430带2G独显,没安装显卡驱动前也没问题,系统是win10 ...

哇,看来是高手,感谢哈

纷飞冷雨 发表于 2025-10-11 10:18

OpenCL是不是会调用显卡参与计算?
我觉得x230的显卡驱动有问题,官网上的显卡驱动是10.18.10.4425,有很多时候会出错,包括玩游戏的时候;如果OpenCL调用显卡,也有可能出错。
我试过了9.18.10.3359版的驱动,这个还可以;楼主可以试一下。

kandu 发表于 2025-10-11 14:12

不知道是不是驱动的问题。

比较老的支持 core 3rd hd4000 的 opencl 驱动不知道在哪下载, linux 下叫 intel-opencl 有些发行版专门给它做了个镜像保存着。
从 core 4rd, hd 4200, 4400, 4600 开始。核显驱动由 intel-compute-runtime 现在叫 intel-compute-runtime-legacy 的组件提供。
现代的 cpu 的核显驱动由 intel-compute-runtime 提供。

上述三种驱动中最老的那个才能驱动起 hd4000 的 opencl, 而且驱起来的 opencl 版本是 1.2, 不知道满不满足软件的需求。

speaker2018 发表于 2025-10-13 00:35

分子对接软件运行环境有点复杂,也可能是我不会调试,昨天在一台AMD的5600G核显的机器上试了下,也是报错
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