关于X230跑分子对接软件的openCL的内部报错，请教各位帮忙看看报错信息

speaker2018

最近在X230上折腾一个份子对接软件，目前在三代i3的thinkpad X230i能流畅运行，只是可能这个老本子的集显HD4000对openCL的支持不知道有什么问题，对受体的蛋白分子结构的pdb文件预处理时有个openCL的内部报错，昨天折腾了一天还没解决。感觉很多分子对程序对硬件的要求不高，但如果mgltools在X230i调入个受体蛋白的结构图会卡成PPT，当然autodock4和Ledock什么的在X230上跑完全没问题，都可以流畅运行。thinkpad不论新旧的本子跑这种lunix环境下的程序感觉稳很多，至少配置到启动很顺利。

看了X230的HD4000对openCL的版本支持没啥问题，dll文件也在，也装了intel 显卡的openCL SDK。运行时的报错信息如下：

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[2025-10-05 18:45:47] ℹ️ [提示] ===== 开始处理所有受体 =====
[2025-10-05 18:45:47] ℹ️ [提示] ======================================================================
[2025-10-05 18:45:48] ℹ️ [提示] 发现1个受体文件，准备处理...
[2025-10-05 18:45:48] ℹ️ [提示]   1. 2D7L.pdb
[2025-10-05 18:45:49] ℹ️ [提示] 🔄 处理受体开始: 0/1 (0%)
[2025-10-05 18:45:56] ℹ️ [提示] ✅ seaborn
[2025-10-05 18:45:58] ℹ️ [提示] ✅ pdbfixer
[2025-10-05 18:45:59] ℹ️ [提示] ✅ openbabel
[2025-10-05 18:46:00] ℹ️ [提示] ✅ plip
[2025-10-05 18:46:01] ℹ️ [提示] ✅ pymol
[2025-10-05 18:46:01] ℹ️ [提示] ✅ Vina 已就绪: C:\docking_toolsv1.0_Windows\vina.exe
[2025-10-05 18:46:01] ℹ️ [提示] ✅ 所有依赖检查通过
[2025-10-05 18:46:01] ℹ️ [提示] ✅ 环境检测完成，程序可以运行
[2025-10-05 18:46:01] ℹ️ [提示] 💡 注意：部分功能可能因依赖缺失而受限
[2025-10-05 18:46:01] ✅ [成功] ✅ 环境准备就绪，可以开始使用！
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示]
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[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 开始处理受体：2D7L
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 原始文件路径：C:\docking_toolsv1.0_Windows\raw_receptors\2D7L.pdb
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 目标输出路径：C:\docking_toolsv1.0_Windows\receptors\2D7L\2D7L.pdbqt
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] --------------------------------------------------
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 步骤1/5：验证输入文件...
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] ✅ 输入文件验证通过（大小：1961.17KB）
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 步骤2/5：创建输出目录...
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] ✅ 输出目录创建成功：C:\docking_toolsv1.0_Windows\receptors\2D7L
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 步骤3/5：结构净化...
[2025-10-05 18:46:03] ℹ️ [提示] 执行命令：pdbfixer "C:\docking_toolsv1.0_Windows\raw_receptors\2D7L.pdb" --output "C:\docking_toolsv1.0_Windows\temp\2D7L_clean.pdb" --keep-heterogens=none
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] ❌ 结构净化失败：OpenCL internal error: Unknown error
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Administrator\miniforge3\envs\docking_env\Scripts\pdbfixer-script.py", line 9, in <module>
    sys.exit(main())
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示]
======================================================================
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] 受体处理总结：成功0/1
[2025-10-05 18:46:04] ⚠️ [警告] 失败任务详情：
[2025-10-05 18:46:04] ⚠️ [警告]   - 2D7L.pdb：结构净化失败：OpenCL internal error: Unknown error
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Administrator\miniforge3\envs\docking_env\Scripts\pdbfixer-script.py", line 9, in <module>
    sys.exit(main())
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] 所有受体PDBQT文件保存目录：C:\docking_toolsv1.0_Windows\receptors
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] ======================================================================

[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] === 受体预处理完成：成功0/1个 ===
[2025-10-05 18:46:04] ⚠️ [警告] 失败任务详情：
[2025-10-05 18:46:04] ⚠️ [警告]   - 2D7L.pdb：结构净化失败：OpenCL internal error: Unknown error
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Administrator\miniforge3\envs\docking_env\Scripts\pdbfixer-script.py", line 9, in <module>
    sys.exit(main())
[2025-10-05 18:46:04] ℹ️ [提示] ✅ 受体预处理任务失败

xuyinianhuakai

E430安装autodock，薛定谔和moe都没问题，，不过，我E430带2G独显，没安装显卡驱动前也没问题，系统是win10 lstc2019。你可以试一试我用的autodock包，重装一下试一试。
链接:https://pan.baidu.com/s/11niEAqq8OV4YQc_16uqZgA?pwd=3tdf 

speaker2018

QUOTE:

xuyinianhuakai 发表于 2025-10-9 02:04
E430安装autodock，薛定谔和moe都没问题，，不过，我E430带2G独显，没安装显卡驱动前也没问题，系统是win10 ...

哇，看来是高手，感谢哈

纷飞冷雨

OpenCL是不是会调用显卡参与计算？
我觉得x230的显卡驱动有问题，官网上的显卡驱动是10.18.10.4425，有很多时候会出错，包括玩游戏的时候；如果OpenCL调用显卡，也有可能出错。
我试过了9.18.10.3359版的驱动，这个还可以；楼主可以试一下。

kandu

不知道是不是驱动的问题。

比较老的支持 core 3rd hd4000 的 opencl 驱动不知道在哪下载, linux 下叫 intel-opencl 有些发行版专门给它做了个镜像保存着。
从 core 4rd, hd 4200, 4400, 4600 开始。核显驱动由 intel-compute-runtime 现在叫 intel-compute-runtime-legacy 的组件提供。
现代的 cpu 的核显驱动由 intel-compute-runtime 提供。

上述三种驱动中最老的那个才能驱动起 hd4000 的 opencl, 而且驱起来的 opencl 版本是 1.2, 不知道满不满足软件的需求。

speaker2018

分子对接软件运行环境有点复杂，也可能是我不会调试，昨天在一台AMD的5600G核显的机器上试了下，也是报错